1792 İspanya... Katolik Kilisesi'nin en güçlü olduğu dönem... Goya (Stellan Skarsgrad), ülkenin en ünlü ressamıdır. Goya'nın genç ve güzel ilham perisi Ines'in (Natalie Portman) Engizisyon Mahkemesi'nin arkasındaki güçlü bir rahip tarafından, toplumsal değerlere aykırı davranış ile suçlanması büyük bir skandal yaratır. Güzel model Ines haksız yere Engizisyon mahkemesi tarafından mahkum edilip işkence görünce, Goya'nın eski dostu rahip Lorenzo (Javier Bardem) ile olan dostluğu sınanır. Goya, Lorenzo'ya Ines'in hayatının bağışlanması için yalvarır. Fakat Lorenzo gücün peşindedir ve Engizisyon'un arkasındaki asıl güçlerin başıdır. Ines hapse atılır, işkence görür ve ölüme terk edilir. 20 yıla yakın bir süre geçer. Goya, yaratıcılığının doruğuna ulaşmıştır ama artık sağırdır ve akıl sağlığı yerinde değildir. Goya, Ines ve Lorenzo tekrar bir araya gelir ve yıllarca saklanan sırlar ortaya çıkar.

The painter Goya becomes involved with the Spanish Inquisition when his muse, Ines, is arrested by the church for heresy. Her father, Thomas, comes to him hoping that his connection with Brother Lorenzo, whom he is painting, can secure the release of his daughter.