Jen ve Kira, kendi ırklarının son temsilcisi iki Gelfling'dir. Bin yıl önce parçalanan ve düzeni sağlayan kutsal kristali sadece bir Gelfling'in tekrar birleştirebileceğini ve o zamandan beri kaosa boğulmuş olan dünyayı kurtarabileceğini öğrenen Jen, Kira ile birlikte yola koyulur. İkisi dışında tüm Gelfling'ler kehanetin gerçekleşmesini ve karanlık hükümranlıklarının sekteye uğramasını istemeyen Skeksis'ler tarafından katledilmiştir. İkili tüm zorlukları yenerek Skeksis'lerin sarayına girmek ve kristali ele geçirerek dünyaya tekrar düzenin hükmetmesini sağlamak zorundadır.

Jen, a Gelfling (one of the last survivors of the elfin-like race), is told of a prophecy by his master, a wise and gentle mystic. Jen sets to the task of returning the crystal shard to the all powerful Dark Crystal, making it whole again, and restoring light to the world.