Galaksiler arası görev yapan iki üstün uzay polisinin başından geçen maceraları anlatan Siyah Giyen Adamlar'ın (Men In Black) ilk bölümü, kısa sürede popüler kültürün unutulmazları girmişti. Yaratık avcısı ajanların, galaksiler arası bir felaketi önlemelerinin üzerinden dört yıl geçmiştir. Görevinden ayrılan Kay sivil hayatı tercih ederken, Ajan J (Jay) dünyada varolan uzaylı yaratıkları araştıran, resmi olmayan devlet kuruluşu Siyah Giyen Adamlar "Men in Black (MIB) için çalışmayı sürdürmüştür. Jay, olağan görünen bir olayı incelerken kendisini çekici bir model olarak tanıtan ama aslında kötü Kylothian canavarı olan SerleenaW'nın tasarladığı ölümcül bir planı ortaya çıkarır. Olaylar bu yönde kötücül gelişirken Kay, bir dönem MIB için çalıştığını hatırlamamakta, o günlere dair bir fikri bulunmamaktadır. Ancak dünyayı, hatta galaksiyi savunma konusunda yaşamakta olan en yetenekli kişidir. Yeniden MIB adına çalışması için Kay'i ikna çabaları başlar. Jay'in elini acele tutması gerekiyor.

Four years after agents J and K averted an intergalactic disaster J is still working for the MIB while K has returned to the comforts of civilian life. While investigating a seemingly routine crime, J uncovers a diabolical plot masterminded by Serleena, an evil Kylothian monster who disguises herself as a sexy lingerie model. It's a race against the clock as J must find and convince K--who not only has no memory of his time spent with the agency, but is also the only person alive who has the expertise to save the galaxy--to reunite with the MIB before Earth is destroyed completely.